В пилотном эпизоде, действия которого происходят спустя год после событий оригинального фильма, появляется системный лорд гоа’улдов и главный злодей Апофис (Питер Уильямс). Он проходит через Звёздные врата и оказывается в командном центре на Земле. Проект Звёздных врат, закрытый до этого момента, вновь начинает действовать. Это становится следствием того, что в галактике существует ещё множество планет, куда можно попасть. Создаются SG-отряды, задачей которых становится защита Земли от гоа'улдов, имеющих в своём распоряжении огромные межзвёздные корабли-пирамиды класса Ха'так и огромные армии джаффа, служащих не только как рабы и воины, но и как носители личинок для змееподобной расы. Основной земной командой становится SG-1 — полковник Джек О'Нилл, учёный Дэниэл Джексон и капитан Саманта Картер. В самом начале сериала к ним присоединяется первый воин Апофиса — джаффа Тил'к.